Otok Murter je bio nastanjen već u pretpovijesti i u doba Ilira. Liburni i Rimljani, koji su živjeli na otoku, ostavili su jasne tragove svoje nazočnosti. Arhitektonski ostaci rimskih objekata, lučkih uređaja i mozaici govore o važnosti otoka u antičko doba.
Otok prvi put spominje Plinije Stariji pod imenom Colentum. Hrvatsko ime otoka Srimac (Srimač) javlja se 1251. godine kad je ugarsko-hrvatski kralj Bela odredio granice šibenske komune. Od 1740. godine otok dobiva ime Murter. Podrijetlo imena Murter još je znanstveno nedokazano. U novije vrijeme prevladava mišljenje da se naziv Murter odnosi na antičko izdubljeno kameno korito koje se nalazilo u sklopu preše za ulje, a zvalo se mortarium. Riječ mortar, mortario u hrvatskom jeziku ima značenje mužar, stupa – radi se o nazivima za posude u kojima se ručno melju žitarice, a stupa se koristi i kao naziv za prešu ili tijesak. Drugo promišljanje vezano je uz toponim uvale Murtar koja se nalazi na jugozapadnom dijelu otoka po kojoj je kasnije cijeli otok dobio ime.
U blizini današnjeg naselja nalazio se antički grad Colentum čiji ostaci, koje je već velikim dijelom pokrilo more, leže u podnožju brda Gradine, na sjevernoj strani uvale Hramine. Colentum je doživljavao svoj procvat najverojatnije u vrijeme vladavine rimskih careva Nerona (37.- 68.) i Vespazijana (9.-79.) čiji je novac pronađen tijekom prvih arheoloških istraživanje provedenih od 1907. do 1909. godine.
Grad je imao tipičnu antičku arhitekturu, kuće podignute na kat, cisterne za vodu, terme i uske ulice popločane kamenim pločama vrlo slične današnjim ulicama u starim dijelovima dalmatinskih gradova, pa i starom dijelu Murtera. Arheolozi su otkrili luksuzne zgrade, najverojatnije ljetnikovce, terasasto raspoređene niz padinu Gradine, s pročeljima okrenutim prema moru. Pretpostavlja se da su Colentum početkom 2. stoljeća srušili i opljačkali gusari, a ima indicija da je stradao u potresu. Dio ruševina uz obalu bio je obnovljen, ali Colentum više nikada nije vratio svoj početni sjaj. Daljnja sudbina Colentuma se ne zna.
U XIII. st. na otoku postoje dva naselja – Veliko Selo (Villa Magna), danas Murter, i Jezera. Stari dokumenti kazuju, da je godine 1298. imao 203 stanovnika. U Murteru i ostalim naseljima na otoku sve do XVIII. st. njegovale su se glagoljica i bosančica što dokazuju sačuvani stari župni dokumenti iz tog vremena. Godine 1866. osnovana je najstarija pučka knjižnica u Dalmaciji, koja je imala važnu ulogu u narodnom preporodu. Osnovna škola i pošta otvoreni su 1877. godine, a 1910. godine osnovana je Uljarska zadruga.
Srednjovjekovni Murter je nastao na prostoru današnjeg Sela, podalje od mora, dok je luka Hramina formirana mnogo kasnije, u trenutku kada su Murterini postali, otkupom posjeda, najbrojniji vlasnici kornatskih otoka. Do njih su mogli samo brodom, pa je za to trebala i odgovarajuća lučka infrastruktura. Na prostoru općine spomenički karakter ima stari dio naselja Murter (Selo), te Hramina, karakteristično primorsko naselje. Tradicijska organizacija naselja, ambijentalna gradnja i upotreba materijala bitno diferencira prostor zaštićene jezgre od drugih dijelova naselja, uvažavajući njihove razvojne tokove.
Pojedinačni spomenici kulture izvan povijesnih jezgri su dominantno sakralnog karaktera. Radi se o objektima iz raznih povijesnih razdoblja ali uvijek značajnim za prostor na kojem se nalaze. Najčešće su pejsažnog karaktera. Često su ti spomenici identifikacijski za mjesto u kojem se nalaze te ih se vrlo dugo čuva u memoriji. Upravo zato ovi spomenici su od velikog značaja te zaslužuju punu pažnju prilikom njihove obnove ili uključivanja u tokove života. Spomenik izvan naselja koji posebno zaslužuje pažnju kao spomenik u krajoliku je crkva Sv Roka u Murteru.
